U schyłku pobytu za granicą w 1864 roku w Cannes, złożyła prywatny ślub czystości. Po powrocie do kraju Franciszka przebywała w rodzinnym majątku w Żdżarach koło Rawy Mazowieckiej oraz w Warszawie. W tym okresie złożyła śluby jako tercjarka franciszkańska. W 1873 roku spowiednik o. Leander Lendzian potwierdził jej wieloletnie pragnienie życia zakonnego i ukazał szczególny wymiar woli Bożej, jako założycielki nowej rodziny zakonnej.
W październiku 1873 roku Franciszka Siedliska udała się do Rzymu, gdzie otrzymała błogosławieństwo Ojca Świętego Piusa IX na złożoną przez siebie prośbę o zgodę papieża na założenie nowego zgromadzenia zakonnego. Zgromadzenie Najświętszej Rodziny z Nazaretu powstało w 1875 roku. Każdego roku w pierwszą niedzielę adwentu siostry nazaretanki obchodzą rocznicę założenia zgromadzenia. Matka Maria od Pana Jezusa Dobrego Pasterza zmarła w Rzymie 21 listopada 1902 roku.
W chwili Jej śmierci Zgromadzenie Sióstr Najświętszej Rodziny z Nazaretu liczyło około 300 sióstr w 26 domach w Europie i na kontynencie amerykańskim. Nazaretanki pracowały wśród ubogich i opuszczonych prowadząc szkoły, przedszkola, sierocińce, internaty i szpitale.